Στην επόμενη φάση του Κυπέλλου προκρίθηκαν και οι Νίκη Βόλου, Καλαμάτα, Αιγάλεω και Μακεδονικός
Η πρώτη σημαντική έκπληξη στο Κύπελλο Ελλάδος είναι γεγονός! Την Κυριακή (8/9) ο Εθνικός της Γ' Εθνικής απέκλεισε τα Χανιά της Σούπερ Λίγκας 2 νικώντας τα με 3-1.
Οι γηπεδούχοι προηγήθηκαν μόλις στο 6' με τον Ποτουρίδη και οι Κρητικοί ισοφάρισαν στο 22' με πέναλτι του Κόλα. Γεωργούσης στο 28' και Ποτουρίδης στο 56' διαμόρφωσαν το τελικό αποτέλεσμα.
Από εκεί και πέρα, ο Ηρακλής επικράτησε με 5-0 του Ερμή Αμυνταίου. Τα γκολ πέτυχαν οι Κυνηγόπουλος (33' και 45'+3), Μπερτόγλιο (45'), Μπελμόντ (71') και Χριστοδουλόπουλος (90'+4). Δοκάρι είχε ο Κιβρακίδης στο 43'.
Ο Πανιώνιος επιβλήθηκε με 4-0 της ΑΕ Κυδωνίας με γκολ των Πιερτζάκομι (33'), Γροντή (35'), Πότσι (77') και Λαύκα (84'), ενώ ο ΠΑΣ Γιάννινα διέλυσε με 11-0 τον Σπάρτακο Γραικοχωρίου σε ένα ματς που είχε και επεισόδια μεταξύ των οπαδών των δύο ομάδων.
Με 1-2 πέρασε από την έδρα του Ατρόμητου Παλαμά η Νίκη Βόλου και με 0-1 από την Κρήτη η Καλαμάτα. Πρόκριση στην 3η φάση του Κυπέλλου Ελλάδος και για τους Μακεδονικό και Αιγάλεω.
Τα αποτελέσματα της 2ης φάσης στο Κύπελλο Ελλάδας
Σάββατο (7/9)
Δόξα Βώλακα - Καβάλα 2-4
Θύελλα Κατσικάς - ΑΕΛ 0-3
Ολυμπιακός Βόλου - Παναχαϊκή 1-4
Κόρινθος - Διαγόρας 0-0 (4-5 πεν.)
Διαγόρας Ραχών Ικαρίας - Κηφισιά 0-14
Κυριακή (8/9)
Ορέστης Ορεστιάδας - Μακεδονικός 0-1
Άρης Αβάτου - Κιλκισιακός 1-0
Πανθρακικός - ΑΟ Σάρτης 9-0
Ερμής Αμυνταίου - Ηρακλής 0-5
Νάουσα - Καμπανιακός 0-2
ΑΕ Ευόσμου - Εθνικός Νέου Κεραμιδίου 0-2
Απόλλων Κρύας Βρύσης - Αστραπή Μεσοποταμιάς 5-1
Σπάρτακος Γραικοχωρίου - ΠΑΣ Γιάννινα 0-11
Αναγέννηση Άρτας - Παλληξουριακός 3-0
Ζάκυνθος - ΑΕ Λευκίμμης 3-0
Σμόλικας Φαλάνης - Αιγάλεω 0-1
Ατρόμητος Παλαμά - Νίκη Βόλου 1-2
Τρίκαλα - Θύελλα Πατρών 2-1
ΑΕ Κυδωνίας - Πανιώνιος 0-4
Επισκοπή - Καλαμάτα 0-1
Εθνικός - Χανιά 3-1
Μανδραϊκός - Αστέρας Λιανοκλαδίου Σταυρού 1-0
ΑΕ Ερμιονίδας - Ιωνικός (ματαιώθηκε)
Εράνη Φιλιατρών - Θύελλα Καμαρίου 0-1
Νέα Αρτάκη - Παναργειακός 2-2 (2-3 στην παράταση)
Αιγέας Πλωμαρίου - Απόλλων Ευπαλίου (ματαιώθηκε)
Δευτέρα (9/9)
Θύελλα Χαλκειού Χίου - Ηλιούπολη 0-3
Τετάρτη (11/9)
ΑΕΡ Αφάντου - Νέα Ιωνία 0-0 (0-1 παράταση)
Η 3η φάση του Κυπέλλου Ελλάδας
Πανθρακικός - Πανιώνιος
Νέα Ιωνία - Αναγέννηση Άρτας
Άρης Αβάτου - Ζάκυνθος
Αιγάλεω - Ηρακλής
Νίκη Βόλου - Απόλλων Κρύας Βρύσης
ΑΕ Ερμιονίδας - ΠΑΣ Γιάννινα
Κηφισιά - Εθνικός Νέου Κεραμιδίου
Τρίκαλα - Παναργειακός
Καμπανιακός - Ηλιούπολη
Μακεδονικός- ΑΕΛ
Θύελλα Καμαρίου - Διαγόρας
Καβάλα - Αιγέας Πλωμαρίου
Παναχαϊκή - Καλαμάτα
Εθνικός - Μανδραϊκός